При корректировке таможенной стоимости платежей по роялти в книге покупок регистрируется сам документ КТС с указанием в качестве покупателя наименование таможенного органа.

Форма счета-фактуры и порядок его заполнения, формы и порядок ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж устанавливаются Правительством Российской Федерации (п. 8 ст. 169 НК РФ).
Форма книги покупок, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, и Правила ее ведения утверждены Постановлением Правительства РФ N 1137 (далее – Правила)
Пунктом 17 Правил установлено, что при ввозе товаров на территорию РФ в книге покупок регистрируются таможенная декларация на ввозимые товары и платежные документы, подтверждающие фактическую уплату таможенному органу НДС.
Особенностей ведения книги покупок при ввозе товаров на территорию РФ Правила не предусматривают.
В вопросе имелся в виду порядок заполнения некоего документа (технический аспект) в информационной системе, показатели которого используются при автоматизированном формировании книги покупок, так как при принятии к вычету НДС, уплаченного на таможне по ввезенным товарам, счет-фактура в буквальном смысле, не выписывается.
Следовательно, если руководствоваться нормами Правил, то в документе информационной системы в поле «Наименование продавца» необходимо указывать всех поставщиков, по которым была осуществлена корректировка, что может оказаться технически невозможным, так как в информационной системе в поле «Наименование продавца», как правило, вводится информация из соответствующего справочника системы. Указываемая информация в дальнейшем формирует графу 5 Книги покупок «Наименование продавца».
Раскрытие информации об адресе Продавца в книге покупок Правилами не предусмотрено.
Вместе с тем, обобщая практический опыт аудиторских проверок, можно говорить о том, что в Графе 5 Книги покупок налогоплательщики указывают наименование таможенного органа (именно такая методология предусмотрена программными продуктами семейства «1С»). Каких-либо негативных последствий со стороны налоговых органов для налогоплательщика по указанному факту нами отмечено не было.
По результатам консультации были даны рекомендации при корректировке таможенной стоимости в качестве документа, на основании которого осуществляется принятие к вычету НДС, регистрировать в книге покупок КТС. При этом в поле «Наименование покупателя», в случае технической невозможности указания фактического покупателя (множества покупателей), указывать наименование таможенного органа.