Возобновление льготы по налогу на прибыль для резидентов Сколково и ИНТЦ

Участники проекта «Сколково» и инновационных научно-технологических центров (ИНТЦ) вправе применять освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль в течение 10-ти лет с момента получения соответствующего статуса. Однако на практике нередко возникают ситуации, когда организация временно утрачивает статус участника проекта, а затем получает его вновь либо одновременно участвует в двух проектах. До настоящего времени порядок возобновления налоговой льготы в подобных случаях оставался предметом многочисленных вопросов со стороны налоговых органов и бизнеса.

Единый подход к возобновлению применения льготы

Минфин согласовал с ФНС позицию, фактически закрепив единый алгоритм определения момента возобновления освобождения и случаев, когда налогоплательщик обязан восстановить налог на прибыль и уплатить пени (письма Минфина от 26.05.2026 г. № 03-03-08/44204, ФНС от 27.03.2026 № СД-36-3/2378@).

Разъяснения чиновников коснулись нескольких основных случаев:

1. утраты статуса участника проекта с последующим повторным получением статуса участника «Сколково» либо ИНТЦ;

2. утраты статуса участника проекта «Сколково» при наличии статуса участника ИНТЦ.

При этом второй случай ФНС дополнительно разделяет на 2 ситуации:

• право на освобождение как участника ИНТЦ уже возникло;
• статус ИНТЦ уже получен, но право на освобождение еще не возникло (не наступило первое число следующего месяца).

Из разъяснений следует, что при утрате статуса участника проекта определяющее значение имеет не только факт повторного получения статуса, но и момент возникновения права на применение освобождения. Именно от этого зависит, будет ли льгота применяться непрерывно либо налогоплательщику потребуется восстановить налог на прибыль и уплатить пени за период перерыва.

Освобождение, предусмотренное статьей 246.1 Налогового кодекса, предоставляется участникам проектов «Сколково» и ИНТЦ в течение 10 лет со дня первоначального получения соответствующего статуса. Право на применение льготы возникает с 1-го числа месяца, следующего за месяцем получения статуса.

При этом положения статьи 246.1 Налогового кодекса допускают повторное применение освобождения после повторного получения статуса участника проекта, если организация продолжает находиться в пределах первоначального 10-ти летнего срока и ранее не отказывалась от применения льготы. Однако в данном случае речь идет не о возникновении нового периода действия освобождения, а лишь о возобновлении его применения в пределах уже начавшегося 10-ти летнего срока.

В этой связи ФНС выделила основные ситуации:

1. повторное получение статуса участника проекта после его утраты. Если организация утратила статус участника проекта, а затем в том же налоговом периоде вновь получила статус участника «Сколково» или ИНТЦ, она вправе возобновить применение освобождения с 1-го числа месяца, следующего за месяцем повторного получения статуса. При этом льгота может применяться только в пределах первоначального 10-летнего срока.

За период с начала налогового периода до дня, предшествующего возобновлению применения освобождения, организация обязана восстановить налог на прибыль и уплатить соответствующие пени;

2. утрата статуса участника проекта «Сколково» при уже возникшем праве на освобождение как участника ИНТЦ. Если на дату утраты статуса участника проекта «Сколково» организация уже обладает возникшим правом на применение освобождения как участник ИНТЦ, прекращение статуса «Сколково» само по себе не приводит к утрате льготы.

В такой ситуации освобождение применяется непрерывно, без восстановления налога на прибыль и без начисления пеней;

3. утрата статуса участника проекта «Сколково», когда статус участника ИНТЦ уже получен, но право на льготу еще не возникло. Если на момент утраты статуса «Сколково» организация уже является участником ИНТЦ, однако право на применение освобождения еще не возникло (поскольку не наступило первое число месяца, следующего за месяцем получения соответствующего статуса), непрерывное применение льготы невозможно.

В этом случае организация вправе возобновить применение освобождения только с даты возникновения права на льготу как участника ИНТЦ. За период с начала налогового периода до дня, предшествующего возобновлению применения освобождения, необходимо восстановить налог на прибыль и уплатить соответствующие пени.

Возобновление льготы после повторного получения статуса

Главный вывод разъяснений заключается в том, что утрата статуса участника проекта не означает окончательной потери права на налоговую льготу. Если организация повторно получает статус участника «Сколково» или ИНТЦ в том же налоговом периоде, она вправе вновь применять освобождение.

При этом право возникает не с даты повторного получения статуса, а с первого числа месяца, следующего за месяцем повторного получения статуса, как это предусмотрено пунктом 4 статьи 246.1 Налогового кодекса.

Повторное применение освобождения возможно только при соблюдении 2-х условий:

• не истек десятигодичный срок, исчисляемый с момента первоначального получения статуса участника проекта;
• организация ранее добровольно не отказывалась от применения освобождения.

Если организация утратила статус, а затем вновь получила его в течение того же налогового периода, алгоритм действий налогоплательщика может быть следующим:

• определить дату повторного получения статуса;
• установить дату возобновления освобождения — первое число месяца, следующего за месяцем повторного получения статуса;
• восстановить налог на прибыль за период с начала налогового периода до дня, предшествующего возобновлению освобождения;
• уплатить восстановленную сумму налога и соответствующие пени;
• начиная с даты возобновления вновь применять освобождение.

Таким образом, законодательство не предусматривает автоматического восстановления льготы «задним числом». Между утратой статуса и моментом повторного возникновения права на освобождение образуется период, за который организация обязана исполнить обязанности обычного налогоплательщика.

Когда восстанавливать налог не требуется

Особое внимание ФНС уделила ситуации, когда организация одновременно участвует в 2-х проектах.

Если на дату утраты статуса участника «Сколково» организация уже обладает возникшим правом на освобождение как участник ИНТЦ, прекращения льготы не происходит.

В этом случае:

• освобождение применяется непрерывно;
• восстанавливать налог не требуется;
• пени не начисляются.

Иными словами, для сохранения льготы имеет значение не только наличие второго статуса, но и наличие уже возникшего права на освобождение по этому статусу.

Если второй льготный статус уже есть, но право еще не возникло

Отдельно рассмотрена ситуация, когда организация уже получила статус участника ИНТЦ, однако месяц, с которого начинает действовать освобождение, еще не наступил.

К примеру, статус ИНТЦ получен 18 мая, право на освобождение возникает только с 1 июня, статус «Сколково» утрачен 20 мая.

Несмотря на наличие второго статуса, непрерывного применения льготы не возникает, поскольку право на освобождение по ИНТЦ еще не начало действовать.

Следовательно, налогоплательщик обязан:

• восстановить налог и уплатить пени за период с начала налогового периода до даты, предшествующей возобновлению освобождения;
• применять освобождение только с 1 июня.

Тем самым ФНС проводит четкую границу между наличием статуса и возникновением права на налоговую льготу, которое всегда определяется правилами пункта 4 статьи 246.1 Налогового кодекса.

Таблица «Алгоритм действий участника проекта «Сколково» или ИНТЦ в зависимости от ситуации»

Напомним, что ранее Минфин выпустил сразу два письма, посвященных применению статьи 246.1 Налогового кодекса, устанавливающей освобождение участников проектов «Сколково» и инновационных научно-технологических центров от исполнения обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль (письма от 25.05.2026 г. № 03-03-07/43454, от 06.05.2026 № 03-03-06/1/37961).

Ведомство сформировало единую официальную позицию относительно исчисления 10-ти летнего срока действия льготы и возможности ее повторного применения.

В письмах от 06.05.2026 № 03-03-06/1/37961 и 25.05.2026 № 03-03-07/43454 Минфин сформировал общий подход к определению срока действия льготы, указав, что предусмотренный статьей 246.1 Налогового кодекса 10-летний период исчисляется однократно — с даты первоначального получения статуса участника проекта. Повторное получение статуса само по себе не влечет возникновения нового периода применения освобождения.

Новые разъяснения Минфина и ФНС, изложенные в письмах от 26.05.2026 № 03-03-08/44204 и 27.03.2026 № СД-36-3/2378@, развивают указанную позицию, отвечая уже на другой вопрос — каким образом применяется льгота в пределах первоначального 10-летнего срока при изменении статуса участника проекта.

В совокупности разъяснения Минфина и ФНС подтверждают, что статья 246.1 Налогового кодекса регулирует 2 самостоятельных вопроса.

Первый — пределы действия льготы. Повторное получение статуса участника проекта не влечет возникновения нового 10-летнего периода применения освобождения.

Второй — порядок возобновления льготы. Если первоначальный срок еще не истек, дальнейшие действия налогоплательщика зависят от момента возникновения права на применение освобождения. Именно этот момент определяет, применяется ли льгота непрерывно либо возникает обязанность восстановить налог на прибыль и уплатить соответствующие пени.