Налоговики лишают права на УСН компании с обособками

Компании с филиалами не вправе применять УСН. Филиал — это обособленное подразделение, расположенное вне места нахождения юрлица, осуществляющее все его функции или их часть, наделённое имуществом создавшим его юрлицом и указанное в ЕГРЮЛ. Ключевым критерием было наличие записи о филиале в ЕГРЮЛ. Однако сейчас налоговики доказывают наличие филиала через анализ реальной деятельности компании и лишают ее права на применение УСН.

При решении вопроса о наличии у организации филиала необходимо учитывать как общие признаки, установленные в пункте 2 статьи 11 Налогового кодекса для признания обособленного подразделения созданным, так и специальные нормы, предусмотренные в статье 55 Гражданского кодекса для признания обособленного подразделения филиалом.

В соответствии с пунктом 2 статьи 11 Налогового кодекса под обособленным подразделением организации понимается любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места.

Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение.

Филиалом признается обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства. Филиалы наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений. Руководители филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности. Филиалы должны быть указаны в учредительных документах создавшего их юридического лица (статья 55 Гражданского кодекса).

То есть создание филиала предполагает совершение ряда действий:

• утверждение создавшим его юридическим лицом положения о филиале;
• наделение филиала имуществом;
• назначение руководителя филиала;
• указание филиала в учредительных документах данного юридического лица.

В связи с этим ранее суды отмечали, что если обособленное подразделение не содержит признаков филиала, перечисленных в статье 55 Гражданского кодекса, то оно таковым не является (постановление Арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 30.05.2018 по делу № А27-16080/2017).

Однако, в последнее время для того, чтобы признать созданное обособленное подразделение филиалом, налоговики исследуют больше фактических обстоятельств.

Знаковое дело было рассмотрено в декабре 2025 года. Суд поддержал инспекцию, которая лишила компанию права на УСН, признав созданное обособленное подразделение филиалом (постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 08.12.2025 № 09АП-44045/2025).

Суд учел следующие обстоятельства:

• согласно представленным уставам компания могла иметь обособленные подразделения только в виде филиалов и представительств;
• предмет и цели обособленного структурного подразделения полностью совпадали с предметом и целями деятельности самой компании;
• для обособленного подразделения компания арендовала помещение с гораздо большей площадью, чем для головного офиса организации;
• больше половины (более 70 %) сотрудников осуществляли трудовую деятельность в обособленном подразделении;
• подразделение самостоятельно заключало договоры;
• клиенты не знали о существовании головной организации.

В качестве доказательств налоговики использовали показания свидетелей, контрагентов, данные геолокации, отзывы клиентов и противоречия в документах компании.

Налоговики настаивали, а суд с ними согласился, что созданное обособленное подразделение осуществляло функции головной организации и обладало признаками филиала.

Арбитры пришли к выводу, что компания неправомерно применяла УСН в связи с тем, что обособленное подразделение имело признаки филиала, который не был зарегистрирован в надлежащем порядке по причине утраты в данном случае права на спецрежим налогообложения (пп. 1 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса).

В результате компании доначислили налог на прибыль и привлекли к ответственности за совершение налогового правонарушения.