Вычет агентского НДС спустя 3 года после сделки

ООО подало налоговую декларацию по НДС за 1 квартал 2024 года 5 июня 2024 года, заявив налог к возмещению. ИФНС отказала в возмещении. В обоснование отказа налоговый орган указал на необоснованность применения налогового вычета по взаимоотношениям с иностранной организацией в рамках договора на капитальный ремонт автомобильных дорог. По таким операциям ООО выступало налоговым агентом по НДС по статье 161 Налогового кодекса.

ИФНС аргументировала свою позицию тем, что налогоплательщик ошибочно исчислял 3-х летний срок для применения вычета с момента уплаты спорной суммы в бюджет (августа 2021 года), тогда как, по мнению инспекции, срок должен исчисляться после принятия на учет товаров, работ, услуг. При этом налог им не был уплачен самостоятельно, а был взыскан в рамках статьи 47 Налогового кодекса.

Суды признали выводы ИФНС неправомерными. Они исходили из следующих обстоятельств:

• факт приобретения работ (услуг) у иностранной организации и исчисления НДС подтвержден материалами дела. Заявитель как налоговый агент в порядке статье 161 Налогового кодекса  исчислил и отразил НДС в соответствующих налоговых декларациях за 1, 3, 4 кварталы 2020 года;
• право на вычет возникло в момент уплаты (взыскания) НДС в бюджет, то есть в 3 квартале 2021 года. Согласно пункту 1.1 статьи 172 Налогового кодекса, налоговые вычеты могут быть заявлены в пределах 3-х лет после принятия на учет приобретенных товаров (работ, услуг). При этом такие вычеты следует осуществлять в том налоговом периоде, в котором у налогоплательщика выполнены условия, предусмотренные статьями 171 и 172 Налогового кодекса;
• исчисление 3-х летнего срока. Он должен исчисляться с момента возникновения права на вычет, то есть с момента уплаты в полном объеме спорной суммы задолженности по налогу, подлежащей уплате в бюджет со статусом «02» (налоговый агент), то есть с августа 2021 года.

Для обоснованности применения налоговых вычетов по НДС необходимо соблюдение принципа документального подтверждения факта приобретения товаров (работ, услуг) и уплаты налога налоговыми агентами.

На основании пункта 4 статьи 174 Налогового кодекса уплата НДС налоговым агентом производится одновременно с выплатой (перечислением) денежных средств иностранному лицу, не состоящему на налоговом учете в налоговом органе и оказывающему указанные услуги (в редакции Кодекса, действовавшей на момент возникновения правоотношений).

В соответствии с пунктом 3 статьи 171 Налогового кодекса вычетам подлежат суммы НДС, уплаченные налоговыми агентами при приобретении товаров (работ, услуг), используемых для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения НДС. Согласно пункту 1 статьи 172 Налогового кодекса такие вычеты производятся на основании счетов-фактур и документов, подтверждающих фактическую уплату в бюджет сумм НДС, после принятия на учет работ (услуг).

Следовательно, право на вычет налога, уплаченного в качестве налогового агента, возникает в том налоговом периоде, в котором у налогоплательщика выполнены условия, предусмотренные статьями 171 и 172 Кодекса.

То есть, суды исходили из того, что такие условия возникли не в налоговых периодах, в которых был отражен НДС к уплате, а в момент, когда налог был фактически уплачен (взыскан) в бюджет, т.е. в 3 квартале 2021 года.

Суды также учли, что налогоплательщик применял УСН и не мог принять налог к вычету в момент уплаты НДС. Это право возникло в 2024 году при переходе на ОСН.

Само по себе то обстоятельство, что спорные суммы «входного» НДС были предъявлены обществу в период применения им УСН, не могло служить основанием для отказа в вычете названных сумм при исчислении НДС после перехода общества на общий режим налогообложения.

Ни глава 21 Налогового кодекса, ни статья 346.25 Налогового кодекса, определяющие правила налогообложения при переходе налогоплательщика на ОСН с УСН, не содержат запрета на вычет сумм НДС, предъявленных в период применения упрощенной системы налогообложения по товарам (работам, услугам), использование которых в облагаемой НДС деятельности начато после перехода на ОСН (постановление Арбитражного суда Московского округа от 03.04.2026 № Ф05-3087/2026).

Арбитры сформулировали следующий вывод по рассмотренному делу — для налогового агента право на вычет возникает не тогда, когда он просто отразил НДС к уплате, а тогда, когда выполнены условия статей 171 и 172 Налогового кодекса, включая фактическую уплату налога в бюджет.

Право на вычет по НДС у налогового агента связано с выполнением следующих специальных условий:

• исчисление налога как агентом;
• принятие работ/услуг на учет;
• фактическая уплата налога в бюджет.

И именно эта совокупность условий определяет старт срока для вычета.

По делу суды установили, что такие условия у общества возникли в 3 квартале 2021 года, когда спорная сумма НДС была фактически взыскана в бюджет.

Именно с этого момента, по мнению суда, начал течь трехлетний срок для заявления вычета.

Таким образом, в спорах о вычете НДС у налогового агента нельзя автоматически применять ту же логику, что и к обычному «входному» НДС.