Как резиденту Сколково не пропустить момент утраты налоговой льготы

Для резидентов «Сколково» установлен двухступенчатый механизм возврата к общему порядку уплаты налога на прибыль в случае, если участник проекта утрачивает право на льготное налогообложение по налогу на прибыль.

Так, организации – резиденты «Сколково» в течение 10-ти лет со дня получения такого статуса имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщиков налога на прибыль (п. 1 ст. 246.1 Налогового кодекса).

Утрата права на освобождение происходит от исполнения обязанностей налогоплательщиков налога на прибыль в следующих случаях:

• при утрате статуса участника проекта «Сколково» — с 1-го числа налогового периода, в котором такой статус был утрачен;
• если годовой объем выручки от реализации превысил 1 млрд рублей — с 1-го числа налогового периода, в котором произошло превышение.

При этом превышение лимита по годовому объему выручки не означает автоматический переход к общему порядку уплаты налога на прибыль.

В этом случае начинается «переходный» период. Он продолжается до момента достижения резидентом «Сколково» показателя 300 млн руб. в отношении полученной прибыли.

Таким образом, чтобы установить, возникает ли у компании обязанность платить налог на прибыль по общим ставкам нужно контролировать размеры:

• выручки. Если она больше 1 млрд руб., после этого компания теряет право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика в соответствии со статьей 246.1 Налогового кодекса. Однако, сразу налог на прибыль платить не начинает. В таком случае прибыль, полученная организацией, облагается налогом по налоговой ставке 0 % в отношении прибыли, полученной после прекращения использования участником проекта права на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика (п. 5 ст. 246.1 Налогового кодекса);
• прибыли. Если она превышает 300 млн руб., действие льготы заканчивается и возникает обязанность пересчитать налог. Пока прибыль не превысила 300 млн руб., действует ставка 0% (абз. 2 п. 5.1 ст. 246.1 Налогового кодекса).

К примеру, компания получила выручку в размере 1,2 млрд руб. При этом ее расходы составили 920 млн руб. То есть, прибыль при этом - 280 млн руб. Это означает, что первый показатель превышен, но лимит по выручке укладывается в «норматив». Следовательно, компания уже утратила освобождение, но пока может применять ставку 0%.

Таким образом, участники проекта «Сколково» после утраты права на освобождение от уплаты налога на прибыль попадают под применение следующего специального порядка налогообложения:

• сначала прибыль облагается по нулевой ставке;
• отсчет ведется с 1-го числа года, когда было потеряно право на освобождение;
• прибыль суммируется нарастающим итогом в течение года;
• как только эта сумма превысит 300 млн рублей, вся прибыль, включая ту, что была получена до достижения лимита, облагается по общей налоговой ставке, установленной пунктом 1 статьи 284 Налогового кодекса.

Если налог или авансовые платежи были уплачены не вовремя, начисляются пени.

При этом Минфин отдельно подчеркивает.

Если субъект РФ установил пониженную региональную ставку налога на прибыль, компания может применять такую льготу на общих основаниях.

То есть после утраты специальных преимуществ «Сколково» организация становится обычным налогоплательщиком и может использовать общие региональные меры поддержки (письмо Минфина от 25.03.2026 № 03-03-06/1/24445).