Может ли резидент Сколково применять УСН и освобождение от НДС

Резидент Сколково применяет УСН. За 2025 год величина его доходов превысила 20 млн руб. В связи с этим его интересовал вопрос — верно ли, что несмотря на превышение совокупного дохода выше 20 млн руб., компания вправе в 2026 году остаться на УСН и воспользоваться своим правом и применять освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, предусмотренное ст. 145.1 Налогового кодекса.

С 2026 года с 60-ти млн руб. снижен порог дохода по УСН для освобождения от уплаты НДС до:

• 20 млн рублей в 2026 году;
• 15 млн рублей в 2027 году;
• 10 млн рублей с 2028 года и далее.

При этом, если доход УСН-щика за 2025 год составил менее 20 млн рублей – НДС платить и представлять «нулевую» декларацию по НДС не надо.

Но как только в 2026 году доход достигнет 20 млн рублей, то с первого числа следующего месяца наступает обязанность по уплате НДС и представлению деклараций по НДС за соответствующие налоговые периоды.

Если доход компании или ИП за 2025 год составил более 20 млн рублей – НДС платить и представлять декларации по НДС надо с начала 2026 года.

В то же время абзацем 1 пункта 2 статьи 145 Налогового кодекса установлено, что положения статьи 145 Налогового кодекса не распространяются на организации, указанные в статье 145.1 Налогового кодекса. В ней речь идет об компаниях, получивших статус участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом от 28.09.2010 № 244-ФЗ «Об инновационном центре «Сколково».

Таким образом, организация, применяющая УСН, у которой за 2025 г. сумма доходов, определяемых в установленном порядке, превысила в совокупности 20 млн рублей, имеет право применять освобождение от НДС на основании статьи 145.1 Налогового кодекса. На это указал Минфин в письме от 27.03.2026 г. № 03-07-07/25310.

То есть организация, ставшая резидентом «Сколково», имеет право на освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, в течение 10-ти лет со дня получения ею статуса участника проекта.

Что касается представления организацией, применяющей УСН и получившей статус участника проекта «Сколково», налоговой декларации по НДС, то на основании пункта 1 статьи 145.1 Налогового кодекса, такая организация имеет право на освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, при реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации.

При этом данная организация от других обязанностей налогоплательщика НДС не освобождается.

Согласно пункту 5 статьи 173 и пункту 5 статьи 174 Налогового кодекса налоговые агенты, а также налогоплательщики, освобожденные от исполнения обязанностей по исчислению и уплате НДС, выставившие покупателю счета-фактуры с выделением сумм НДС, обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующую декларацию по установленному формату в электронной форме по ТКС через оператора ЭДО в срок не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.

В связи с этим, если организация, получившая статус участника проекта «Сколково», при применении УСН использует освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, в порядке, установленном статьей 145.1 Налогового кодекса, то такая организация должна представлять в установленном порядке в налоговый орган налоговую декларацию по НДС в случае исполнения ею обязанностей налогового агента по НДС, а также при выставлении покупателям счетов-фактур с выделенной суммой НДС.

Таким образом, при освобождении от НДС по статье 145.1 Налогового кодекса резидент «Сколково» сдает декларации по НДС лишь в определенных случаях. К примеру, если является налоговым агентом по НДС или выставит счет-фактуру с выделенной суммой налога (п. 5 ст. 174 Налогового кодекса).