Нужно ли согласовывать с поставщиком перечень сотрудников, ответственных за передачу груза перевозчику? Есть ли какие-то налоговые или иные риски данной операции?

В п.6 и п.16 Транспортной накладной по форме, утвержденной Постановлением правительства РФ № 272 от 15.04.2011г. должны быть проставлены в т.ч. подписи представителя грузоотправителя (уполномоченного лица).
В силу содержания п.1 и п.4 ст. 185 ГК РФ уполномочие, выдаваемое одним лицом другому лицу или другим лицам для представительства перед третьими лицами оформляется доверенностью или вытекает из условий договора.
В рассматриваемой ситуации речь идет о подтверждении полномочий лица, ответственного за передачу (отправку) груза транспортной компании, именно перед транспортной компанией.
Характерно, что заинтересованность в подтверждении полномочий лица, передающего груз к перевозке и расписывающегося в транспортной накладной, должна прежде всего проявлять транспортная компания. У транспортной компании существуют риски в отношении характера принимаемого груза, а также риски, связанные с возможным отказом от оплаты транспортных услуг заказчиком– в обоих случаях, чтобы подтвердить причастность компании к перевозке, ответственность за характер передаваемого груза нужно подтверждение, что лицо, сдавшее груз к перевозке, было уполномочено компанией. Другими словами, сдача груза к перевозке является событием, которое происходит в рамках договора перевозки, неотъемлемой частью которого является транспортная накладная, поэтому лица, причастные к этому событию (исполнению договора перевозки) и оформлению транспортной накладной должны иметь соответствующие полномочия.
При этом, в силу п.3 ст. 185 ГК РФ доверенность на подтверждение полномочий представителя поставщика, как грузоотправителя, может быть выдана непосредственно представителю транспортной компании.
И хотя передача груза транспортной компании для перевозки не является сделкой, хочется обратить внимание на содержание ст.183 ГК РФ согласно которой, при отсутствии полномочий действовать от имени другого лица или при превышении таких полномочий сделка считается заключенной от имени и в интересах совершившего ее лица, если только другое лицо (представляемый) впоследствии не одобрит данную сделку. Последующее одобрение сделки представляемым создает, изменяет и прекращает для него гражданские права и обязанности по данной сделке с момента ее совершения.
Если компания в последующем признает, что отправка груза была осуществлена в его интересах, то мы не усматриваем какой-либо необходимости оформлять какие-либо дополнительные документы, подтверждающие полномочия лица, сдающего груз, если только такие документы не требует транспортная компания или поставщик, что маловероятно.
Принимая во внимание правовую легитимность указанных действий, мы не усматриваем и налоговых рисков.
Вместе с тем, при проведении мероприятий налогового контроля налоговые инспектора проверяют реальность сделки и достоверность представленных документов, путем уточнение информации о лицах, принимавших участие в хозяйственной операции, их опросе.
Не редки случаи, когда не удается установить принадлежность подписей лиц, задействованных в хозяйственной операции со стороны контрагента.
С точки зрения проявления должной осмотрительности рекомендуем запросить у поставщика список сотрудников, ответственных за отгрузку, которые будут расписываться за отправку груза в транспортной накладной. Согласованный перечень рекомендуем хранить вместе с договором на поставку.